台灣的本土種菸草，大致上可分為高山種與平地種兩大類。
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中央研究院歷史語言研究所典藏，由林惠祥先生於1928年的台灣之行中採集的排灣族煙斗 |
根據推測，高山種是在十六世紀大航海時代，由航經台灣的西方商船隊所傳入。而平地種菸草，則是於十七世紀時，由中國東南沿海的漢族移民所攜來。不論是高山或是平地種菸草，至遲十七世紀開始，菸草開始進入當時台灣住民的常民生活之中。
在某些原住民傳說當中，菸草是原住民和異族人交易時所發現到的奇珍異寶，初次見到菸草的原住民，深深訝異為何異族人類口中居然可以噴出煙與火，慷慨的異族人便將菸草贈送給原住民。另外一些原住民傳說告訴我們，已經過世的本族人為了安慰服喪中的親人，便將自己化身為菸草，特地托夢告訴親人，向親人們介紹這種可以「忘憂解悶」的植物。
在排灣語中，菸草叫做Tjamaku，煙斗稱作Qungtsuy。在傳統排灣人的生活中，各戶家屋旁邊都會種植菸草，這是一種隨處可見、隨手可得的植物。當菸草成熟之後，便可採收並且陰乾儲藏；等到要抽菸時，再把菸草揉碎放入煙斗當中。排灣族的煙斗，又可以分為煙管與斗部兩個部份，煙管多半用劍竹等植物製成，雕飾較少；斗部則多半以木頭製成，常常有人面或人體等雕刻圖案，極為精緻。中央研究院歷史文物陳列館，就典藏有排灣族煙斗。煙斗斗部宛如一隻向四面八方伸出肢爪的章魚，蘊涵了豐沛的生命力與美術創造力。而煙斗，除了供作自己吸菸之用以外，同時也是傳情達意的工具；排灣族男子會製作精巧的煙斗，並且把這些煙斗贈送給心儀的對象，以求博得心上人的燦爛微笑。
在十九世紀末、二十世紀初西方與日本的人類學家深入原住民部落時，他們發現菸草幾乎已經是台灣原住民族生活中的一部份。1895年日本領台。殖民政府為了蒐集關於原住民部落的資訊，特別要求警察部門以高價向原住民收購菸草，並且趁機打探原住民部落關於槍械、軍火等相關資訊，作為往後以武力征伐原住民的情報參考。
自1920年代中期開始，總督府專賣局開始准許台灣漢人農民種植菸草，而漢人挾著遠較原住民龐大的資本動員能力，很快就在菸草的經濟栽培上趕過了原住民。1945年第二次世界大戰結束，中華民國政府接收台灣，台灣省行政長官公署隨即沿用了日本殖民體制下的菸酒專賣制度，並於1946年公佈《台灣省菸草專賣規則》，於條文中明文規定『菸草非經專賣局許可，不得種植、輸出、輸入或移入第二條』、『凡未經許可私自輸運菸草、試種菸草、製造菸草、販賣或藏匿菸草，處五百元以上，五千元以下之罰鍰，並將犯案之菸草或原料機械等物沒收之第二十五條』。因此菸草的種植至此也就被管制在台中、嘉義、屏東、花蓮、宜蘭等五個「菸區」宜蘭菸區已於1962年撤銷，逐漸成為我們今日所熟知的菸酒公賣制度。
在1949年之前，國民政府的台灣原住民行政可以說仍舊處於摸索階段，原住民在菸草種植上亦保持了一定的能動性。但是在1954年5月所公佈的《取締山胞私菸酒辦法》，首度針對原住民的菸草種植進行限制，規定『山地同胞每戶每年得在住宅周圍空地種植菸草300株，但不得設置乾燥室或利用乾燥室乾燥菸葉，並不得製造紙捲菸，僅能以傳統土法製造，其品種限於山地番菸』。後來，又有公賣局的「特製芙蓉菸絲」、「保林菸絲」等品牌大舉入侵，於是部落中人逐漸捨棄了傳統菸草的種植與使用，轉而成為山地物資供銷處與雜貨店的常客，菸草的私人種植至此正式消失，而部落的菸草文化亦宛如裊裊香煙，隨風而逝。而中央研究院歷史語言研究所、民族學研究所典藏的煙斗，也就為幾乎逝去的台灣原住民煙草文化，留下最後的見證。
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